図書館員・図書館情報学研究者が知っていると得しそうなツール・DB一覧~「実験医学増刊」"今日から使える!データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100"より

実験医学増刊:今日から使える!データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100


今月の実験医学の増刊で、ライフサイエンス系データベース・ウェブツールの一覧として、遺伝子や化合物に関するデータベース、アプリなどをまとめていました。
面白そうだったので、取り上げられていたデータベース・ウェブツールから図書館員や図書館系研究者が知っていると得しそうなものをピックアップしてみました。文献データベースだけではなく、データベースのデータベースや専門分野の略語などのデータベースも重宝するものです*1。皆様はいくつご存知でしょうか?
  
ちなみに、我らがCiNiiの項を執筆されたのはなんと岡部晋典さんでした!びっくり。まさか医学系の購読誌でお名前を拝見することになるとは思いませんでした。笑
  
文献データベースに医中誌がないのは有料だから仕方がないのかもしれませんが、医薬品に関する無料の文献データベースであるiyakuSearchが拾っていただけなかったのは残念です…知名度低いもんね…。
  

第1章 データベースを探す/情報を探す

1. 統合TV*2


生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイト
   

3. Integbio


   

4. J-GLOBAL


  

5. 生命科学データベース横断検索

散在する生命科学分野のデータベースを、特許や文献情報とあわせて一括して検索できるサービス
  

6. Sagace

遺伝子発現量やプロテオミクスなどの生命科学データや、疾患モデルマウスや培養細胞などの生物資源を国内のデータベースから検索する横断検索サービス
  
   

第8章 文献を調べる/整理する

1. PubMed, PMC

  

2. Google Scholar

Googleの提供する検索サービスの1つで、主に学術用途での検索を対象としており、論文、学術誌、出版物などから検索を行う。 普通の検索とは異なり、ネット上に散らばっている同一論文をまとめて表示することが可能

  

3. CiNii

いわずもがな、国立情報学研究所(NII)が提供する論文や図書・雑誌などの学術情報が検索できるデータベースサービス

  

4. Mendeley, EndNote Web



  

5. 新着論文レビュー領域融合レビュー

新着論文レビューは日本人著者による論文がNature, Science,Cellなどに代表されるトップジャーナルに掲載された際、その論文の著者自身の執筆による日本語のレビューを無料で公開しています。また、領域融合レビューは生命科学において注目される分野・学問領域について、第一線の研究者に専門分野の異なる生命科学研究者に向けて執筆された日本語によるレビューを無料で公開しています
  

第9章 研究を効率化するウェブツール/情報源

1. ライフサイエンス辞書

生命科学の学問領域で使われる専門用語などのオンライン辞書
  

2. Allie


生命科学分野において利用されている略語とその展開形を検索するサービス
  

3. inMeXes


PubMed/MEDLINEに含まれるタイトルとアブストラクトに頻出する英語表現を検索し、英語表現の用例や関連情報を取得できる検索サービス  
    

4. Googleドライブを活用した共同論文執筆


  

5. difff《デユフフ》

テキストの差分を比較できるオンラインツール
  

6. Wolfram Alpha


事実についての質問に対して、構造化されたデータを使って計算し、直接答えを返すオンラインサービス
  

7. Cytoscape


生物学上のパスウェイや分子間相互作用ネットワークを可視化&解析できるフリーソフト。ネットワーク分析に使える
  

8. OpenRefine


データの整形や変換、解析をすることができるフリーソフト
  

12. TogoDB

CSV/TSV形式のデータがあれば、誰でも簡単にデータベースが構築できるWeb データベース構築システム
  

13. Togo picture Gallery

誰でも自由に閲覧・利用できるように無料で公開しているライフサイエンス分野のイラスト集
  

14. Slideshare


いわずもがななスライド共有サイト
  

16. JREC-IN Portal and Beyond

研究者・研究支援者・技術者等の研究人材のキャリア形成・能力開発を支援するポータルサイト
  

17. UMIN FIND

これから応募できる研究助成の一覧
  

18. UMIN学会情報

生命科学分野に関する学術団体・学術集会を検索できるデータベース
  
   

おまけ

無料で使えるライフサイエンス系データベースということで、せっかくなのでJAPICのデータベースもご紹介します。
(良くない意味で)知る人ぞ知るデータベースになっていますが、図書館はもちろん他分野の方や普段の生活にも役立つ良いデータベースですので、ぜひこの機会にお知りおきください。

iyakuSearch

JAPICのデータベースの窓口。ここから複数のデータベースにアクセスできます。追加情報が有料のデータベースもありますが、基本的に全て無料で利用可能です。
  

医薬文献・学会演題情報

医薬文献は1983年以降約45万件を、学会演題は1993年以降約101万件を収載した日本の医薬品の有効性や安全性に関する文献情報データベースです。
   

医療用医薬品添付文書情報・一般用医薬品添付文書情報

医療用医薬品約20,000品目、一般用医薬品約11,000品目を収載した医療用・一般用医薬品添付文書情報で、医薬品名などから検索でき、無料でPDFをダウンロードできます。
  

学会開催情報

1996年以降の医学・薬学分野に関する学術集会の開催情報を収載。今後開催される学術集会情報を検索できるほか、抄録集・プログラムを入手している学術集会の一部は附属図書館を通じて複写可能です
   
   

出典

実験医学 増刊. 2014, Vol.32, No.20.
特集「今日から使える!データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100」

目次(PDF)
第Ⅰ部 生命科学データベース、プロジェクトの動向
第Ⅱ部 今日から使えるデータベース・ウェブツール
第1章 データベースを探す/情報を探す
第2章 ゲノム/遺伝子/塩基配列を調べる
第3章 タンパク質を調べる
第4章 遺伝子発現の解析
第5章 化合物を調べる
第6章 バイオリソースを調べる
第7章 NGS解析に役立つデータベース・ウェブツール
第8章 文献を調べる/整理する
第9章 研究を効率化するウェブツール/情報源

  

*1:ライフサイエンス辞書やAllieはINFOSTAのOUGライフサイエンス分科会で教えていただきました。INFOSTAの検索技術者検定(旧:情報検索能力試験)の試験勉強になる…かもしれません。

*2:書籍の目次で「総合TV」と誤植になっていました

図書館系勉強会の記録をまとめました

発表資料を探そうとしたところ中々見つけられなくて苦労したので、筑波大学大学院時代に開催していた図書館系勉強会の記録をひとところにまとめました。
ブログでは時間の経過とともに情報が見つけにくくなるので、ウェブサイトにも掲載してあります。

図書館系勉強会 - library-humotty ページ!

このウェブサイトは改姓と備忘録のために自分の過去の活動記録を一覧できるようにしたくてつくりました*1。最初はブログの記事もウェブサイトで掲載しようと思ったのですが、タイムリーな編集がしにくいことやエントリのURLが長過ぎる(タイトルがそのままURLになってしまう)ため断念しました。記録に残しておきたい情報などはウェブサイトに掲載すれば良いのかなと思っています。
  
図書館系勉強会はいつも手さぐりで調べて発表していました。学生の自主勉強会の1つの形として、図書館に関する話題の多様さを知るきっかけになれば幸いです*2

  

図書館系勉強会の記録





















番外編

図書館系勉強会@つくば 1年間の活動報告と成果発表(第14回図書館総合展ポスターセッッション:2012-11-20/22)


  

第4回配信 | KLC -春日ラーニングコモンズ-

*1:本当は業績一覧と言いたかったのですが、査読論文の1本もない状態なうえに課外活動が多すぎてたため断念

*2:はてなの埋め込み機能のおかげで、みんつー先生のカリスマ的人気が浮き彫りに

医療・健康情報サービス版リアル「夜明けの図書館」~"「世界」を手渡す司書の仕事"

Facebookにも書きましたが、こちらでも*
  

佐藤美加 . しごと百景「「世界」を手渡す司書の仕事」. JAPIC NEWS, No.368, 2014.12, p.8-9.

  
第31回医学情報サービス研究大会公共図書館の医療・健康情報サービスについて発表されていた佐藤美加さんに、広報誌にコラムを執筆していただきました。
  
JAPICが提供する薬の専門情報をどのように公共図書館のレファレンスに使っていただいているのかお伝えしたくて依頼したのですが、結果的に、図書館員でなくてもレファレンスサービスの面白さを知っていただけるような素晴らしいコラムを書いていただくことができました。
JAPIC NEWSは主に企業に配布する広報誌なので、あまり図書館を知らないような方も読まれますが、このコラムのおかげでそのような方にも図書館の魅力をお伝えできるのではないでしょうか。
  
このコラムを拝読したとき、「夜明けの図書館」を初めて読んだときと似たような感銘を受けました(ノンフィクションな「夜明けの図書館」のお話は、本当はそこらじゅうに転がっているのでしょうが、中々目にする機会がないように思います)。
  
コラムでは、レファレンスサービスについて、初めて知る人でもわかるように優しく、面白く書かれています。
その中に、「生きているうちに色々な世界を知りたいの。私にとっては、こんな些細なことさえも、知らない世界への入り口なのよ」という科白がありました。
とても素敵な言葉だと思います。直接の関わりはありませんが、とても率直にレファレンスサービスの魅力を表しているように思えました。
  
本当に良いコラムなので、ぜひ皆様読んでみてください。

  
  
#最近、ウェブサイトで更新していましたが、やっぱり頻繁な更新はブログの方がやりやすいなと思いました。

発表します:第31回 医学情報サービス研究大会 MIS31@名古屋

2014年7月26日(土)・7月27日(日)に愛知県で開催される第31回 医学情報サービス研究大会のプログラムが公開されました。

申込みが多かったようで、採択されるかひやひやしましたが、無事口頭発表のお時間をいただけました!良かった~
日本図書館情報学会とは違って、お仕事に関係のあるテーマで発表できるので、今回はちゃんと所属があります。その代わり、抄録出す時点で回覧して許可を得ないといけませんし、恥ずかしい発表ができないというプレッシャーもありますが・・・(_ _;;;)
それでもどうしても研究がしたくて、上司から理事長まで直談判して申込みまでこぎつけたので、参加できるのがとても嬉しいです。
まだ分析はこれからですが、頑張ります。


同じセッションに作野先生や小野寺先生がいらっしゃってどきどきですね。緊張するなあ。
医学図書館の先輩方はお酒もよく嗜まれるので、夜のセッションもとっても楽しみです。発表が一日目で良かった。笑


発表タイトルは「医学分野における学術会議の演題数による経年変化の分析:Pharmacovigilanceの観点から」です。長ったらしいですね。いつもタイトルをつけるのが下手だなあと落ち込みます。センスが欲しい。
”Pharmacovigilance”という言葉に馴染みのない方が多いかもしれません。日本語では「医薬品安全性監視」などと言われます。みなさんが普段病院でもらうお薬や薬局で買う医薬品は、本当に安全な薬なのかどうか、臨床試験ではみつからなかった副作用が発生していないかどうかなどを承認・市販後も調べるような制度を指したりします。
分野を移しての初めての発表なので、詳しくない人にも分かってもらえるような発表ができるといいなと思います。

書きました:第20回医学図書館員基礎研修会のGW報告

2013年8月26日~28日の三日間に渡って千葉大学のアカデミック・リンク・センターで行われた第20回医学図書館員基礎研修会のグループワークの報告が、『医学図書館』61巻1号に掲載されました。

  • 平山陽菜. 特集, 第20回医学図書館員基礎研修会:5班 求められる蔵書構築. 医学図書館. 61(1), 2014, p.80-82.


ラーニングコモンズを経験した立場からもあの有名な千葉大学のアカデミック・リンク・センターであったり、基調講演が竹内先生だということでも、非常に楽しく研修させていただきました*1


薬学図書館でも同じような記事を書いていましたが、研修会でのグループワークの記録係は発表係よりもあまり人気がないようです。仕事を持ち帰るのが負担なのだそうで。
私は発表するよりも書くのが好きなので、ここぞとばかりに譲ってもらった結果、昨年はこうなりました。でも今は人前で話をする機会も滅多にないので、発表する能力も鈍ってしまいそうで怖いです。


大抵の研修で、グループワークのグループはその職員の所属や担当業務で割り振っていただけるので、大抵はグループの共通テーマが小規模図書館にあたるのですよね。人もいない、お金もない、そんな図書館でもできることってなんだろう。そういう気持ちを代弁するようにグループワークのテーマを考えました。
個人的には、人がいなくて休みがとれないとか、遅刻できないといった勤務形態に関する感想を他人と共有できたのがとても嬉しかったです。


なかなか落ち着いてブログを書く時間がとれませんが、最近学んだことは、飲まなきゃやってられないという気持ちで飲むお酒は何も生み出さないということと、他人への嫉妬は自分への成長の催促だということです。
ではでは

*1:最初竹内先生に覚えていてもらえていなくて大変悲しかったですが、無事思い出していただけて良かったです。

よいこは真似しないでください

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行ってきました初島
あいにくの曇り空なお天気で風も強かったのですが、船が出港して良かった!めっちゃ揺れたけど!

合宿はとても楽しくて、研究でも生活でもいろいろ学び多い時間でした。
しばらく生ぬるく過ごしていたので、落ち込んだり課題をみつけたりもしました。
本当に参加させていただけて良かったです。ありがとうございました。

ということで、大カモメ祭りです*1
シャッタースピードにファインダーと一眼買って初めてのフル活用!たのしい!
あああ望遠レンズほしかったー!!もったいない!


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朝に散歩しました


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初島から臨む伊豆


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おわかりいただけるだろうか


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帰りもカモメ


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きれいなお姉さんは好きですか


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これが


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こうなる


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はしゃぐ大人たち


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さよなら初島




おまけ
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食べ過ぎでお腹壊しました


ところで、一部の写真をはてなフォトライフに何度アップロードしても別の写真に置き換わってしまうのですが、何がいけないのでしょうか。

*1:合宿中カモメとトンビを間違えてました。恥ずかしい。

今月の「情報管理」と「情報の科学と技術」

びっくりしました。
今月号の「情報管理」のこの本!おすすめしますを書いてたのが佐藤翔さんだったので。


職場に届いた「情報管理」開けて見てみたときの衝撃といったら!

先月号が私だったので、できることなら順番が逆なら良かった…!と悔しがりつつ、ミーハーなので、みんつーさんと同じコーナーで続けて書かせていただいたというだけで一生の宝物です。生きててよかった。
ということでみなさんみんつーさんのお勧め本を読みましょう!

情報管理に掲載されている時実先生の論文では、収載誌分析でこっそりうちが対象になってたりします。こちらもぜひ。

ちなみに、今月号の「情報の科学と技術」のINFOSTA Forumのコラムを執筆しているのも、学部時代に同期だった友達です。彼女とは一緒にハワイ大学インターンシップにも行って、たくさん助けていただきました。前月も同期だったので、情報管理と合わせて筑波の同世代が盛り上がっててすごく嬉しいです。
この前のサーチャー試験の結果が出ているので、私もこっそり名前が載っていたりします。